Le conseil définit le programme de recherches et d’observations de l’OSU-EFLUVE. Il adopte le budget de l’Observatoire, il donne son avis sur les contrats dont l’exécution le concerne et soumet au conseil d’administration de l’Université la répartition des emplois universitaires et il est consulté sur les recrutements de personnels.
Le comité scientifique de l'OSU-EFLUVE est constitué de l'équipe de direction et des membres élus parmi les personnels de l'OSU ou des laboratoires rattachés à l'OSU. Réuni au moins deux fois par an, il est consulté sur la mise en œuvre de la politique scientifique de l’OSU-EFLUVE, dans le contexte général défini par son conseil.